Bisa dilihat dari ciri fisik perbedaan kelamin antara jantan dan betina sebenarnya bisa diketahui, arowana jantan umumnya memiliki bentuk badan yang memanjang dan kepala melebar karena berfungsi untuk menyimpan telur, sedangkan arowana betina badannya lebih pendek dan kepala lebih runcing. Tingkat kebenaran identifikasi secara anatomi mencapai 75%. Prosentase ini meningkat jika penelitiannya dilakukan oleh orang yang telah berpengalaman.
gambar A adalah arowana Jantan dan Gambar B arowana Betina